在热门短剧《傲娇总裁的全能神医》中，主角的感情线一直是观众关注的焦点。故事围绕一位身怀绝世医术却低调行事的女主角，与一位外表高冷、内心柔软的霸道总裁展开。两人从最初的误会与冲突，到逐渐了解彼此，最终在共同经历了一系列危机与挑战后，感情不断升温。
剧情的高潮部分，女主角凭借其超凡的医术多次拯救总裁及其企业于危难之中，而总裁也在关键时刻展现出对女主角的深情与守护。经过种种波折，包括家族反对、商业竞争和情感考验，两人最终确认了彼此的心意。在结局中，傲娇总裁与全能神医携手共度余生，成为了彼此最坚实的依靠。
因此，可以明确回答：主角最后与那位傲娇总裁在一起了。他们的结合不仅是爱情的圆满，也象征着智慧与力量的融合，为整个故事画上了一个温馨而励志的句号。